L'école possède sa propre clinique vétérinaire ultramoderne, équipée d'un bloc opératoire, d'une salle de radiographie et d'échographie, d'une salle de soins, de 10 boxes pré- et post-opératoires, d'un bloc de quarantaine pour isoler les chevaux nouvellement arrivés ou les chevaux contagieux.
Deux vétérinaires, deux infirmiers et un soigneur pratiquent les soins usuels et les opérations chirurgicales. Une trentaine d'interventions sont pratiquées chaque année.
La clinique est également au service du Pôle France pour le suivi vétérinaire des chevaux de l'équipe de France.